셀트리온제약은 2일 최근 부과된 법인세 99억원에 대해 부당하다며 세무당국을 상대로 행정소송을 할 계획이라고 밝혔다.

이 회사에 따르면, 세무당국은 2009년 한서제약 합병 시 발생한 회계상 영업권 282억원이 합병차익에 해당한다며 법인세 99억원을 부과했다. 회계상 영업권은 매입가액과 순자산가치와의 차액으로, 지적재산권 등 실제 자산과는 다른 회계상의 개념이다.

예를 들면, 피합병회사의 주식가치가 100억원인데 순자산가치는 70억원인 경우 이를 회계처리할 때 차액인 30억원을 영업권으로 기재하는 것이다.

국세청은 2010년 이전에는 이같은 회계상 영업권에 과세하지 않았으나 2010년 영업권 상각을 절세수단으로 악용하는 사례를 막기 위해 이를 합병차익으로 보고 과세할 수 있도록 관련 법을 개정했다. 이를 법개정 전인 2007년 이후 합병한 기업에 대해서도 소급 적용해 일부 기업에 대해 법인세를 부과했다.

셀트리온제약은 “법인세 99억원에 대해 이달 중 징수유예르 신청하고, 경정 및 불복 청구를 할 예정”이라며 “청구가 받아들여지지 않을 경우 서울행정법원에 소송을 내겠다”고 말했다.

조문술 기자/freiheit@hrealdcorp.com