서울행정법원 전경[대법원 제공]

[헤럴드경제=유동현 기자] 세포치료제 연구·개발사 전 대표 A씨가 양도소득세 19억원 부과에 불복해 낸 소송에서 승소했다.

서울행정법원 4부(부장 김정중)는 A씨가 용산세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소청구 소송에서 원고 승소 판결했다고 20일 밝혔다.

A씨는 2005 설립된 세포치료제를 연구·개발하는 B사 대표이사로 2009년 12월 말 권면총액 80억원의 신주인수권부사채를 발행했다. 당일 이를 취득한 C사는 다음날 날 신주인수권을 분리해 매도했고, A씨는 40억원의 신주인수권을 1억 6000만원에 인수했다. A씨는 2012년 신주인수권을 행사해 B주식 517만 4640주를 취득했고, 같은 해 해당 주식을 매각했다.

A씨는 2013년 1월 주식 취득과정에서 185억 9700여만원의 증여 이익이 발생했다고 보고79억4000여만원의 증여세 등을 신고 및 납부했다. 용산세무서는 A씨에게 증여세 신고내역이 적정하다고 통지했으나 A씨는 앞선 증여세 부과처분에 불복해 소송을 제기했고, 대법원 파기환송심에서 승소했다. 이에 세무당국은 A씨가 주식 양도에 대한 양도소득세 신고 시 주식의 취득가액에 가산한 증여 재산가액을 취득가액에서 제외하고 세액을 다시 산정해야 한다고 보고, 2020년 1월 2012년도 귀속 양도소득세 19억 3600여만원을 부과했다. A씨는 이에 불복해 소송을 냈다.

재판부는 “선행재판 과정에서 신주인수권 행사로 인한 이익이 증여세 과세처분의 대상에 해당하지 않는다는 판단이 이루어졌으므로, 신주인수권 행사로 인한 이익에 해당하는 증여재산가액 상당은 양도로 인한 양도소득세 산정과정에서 필요경비로 산입될 수 없다”고 판단했다.

또 ‘구 국세기본법’상 사기나 부정한 행위가 아닌 경우 과세표준과 세액 신고기간이 신고서 제출 후 5년이 만료되면 부과할 수 없기 때문에 “부과처분은 부과제척기간이 도과된 후에 이루어진 것으로서 무효”라고 설명했다.